Οι ισραηλινές αρχές έθεσαν αμέσως σε εφαρμογή το αυστηρό πρωτόκολλο αντιμετώπισης απειλών τύπου 11ης Σεπτεμβρίου όταν το αεροπλάνο της Flydubai σημείωσε απότομη απώλεια υψομέτρου και έπεσε στα 14.000 πόδια. Η Ισραηλινή Πολεμική Αεροπορία επιχείρησε επανειλημμένα να επικοινωνήσει με το πιλοτήριο, αλλά η απουσία απάντησης οδήγησε στην ακαριαία σύσταση ειδικής επιτροπής κρίσεων και τη δημιουργία κέντρου επιχειρήσεων.

Συναγερμός σήμανε στην ισραηλινή αεράμυνα, με αποτέλεσμα την άμεση απογείωση μαχητικών αεροσκαφών και το πλήρες κλείσιμο του εναέριου χώρου της χώρας. Η εντολή αναχαίτισης ανακλήθηκε μόνο όταν διαπιστώθηκε ότι, σε απόσταση περίπου 400 μιλίων από τα σύνορα, το αεροσκάφος άλλαξε πορεία κατευθυνόμενο προς τη Σαουδική Αραβία, η οποία κινητοποίησε επίσης δικά της μαχητικά.

Στο εσωτερικό του αεροπλάνου, ο κυβερνήτης κατάφερε να απωθήσει τον συγκυβερνήτη για όσο χρόνο χρειαζόταν ώστε να ξεκλειδώσει την πόρτα του πιλοτηρίου. Αμέσως μετά, ομάδα Ισραηλινών επιβατών και μελών του πληρώματος της Flydubai ακινητοποίησαν τον δράστη. Δύο πιλότοι εκτός υπηρεσίας που επέβαιναν στην πτήση ανέλαβαν τον έλεγχο, πραγματοποιώντας αναγκαστική προσγείωση στο Ταμπούκ της Σαουδικής Αραβίας.

Αν η πτήση 1073 είχε πλησιάσει σε προκαθορισμένη απόσταση ασφαλείας, το Ισραήλ θα είχε στείλει μαχητικά εντός του ιορδανικού εναέριου χώρου για τον άμεσο έλεγχο της κατάστασης.

Σε πρώτο χρόνο οι Ισραηλινοί πιλότοι των μαχητικών θα επεδίωκαν οπτική επαφή με το πιλοτήριο προσεγγίζοντας το αεροσκάφος σε απόσταση αναπνοής για να αξιολογήσουν την κατάσταση του κυβερνήτη. Αμέσως μετά, θα προχωρούσαν σε ανάλογο έλεγχο της καμπίνας προκειμένου να διαπιστώσουν τη συμπεριφορά των επιβατών. Σε περίπτωση εμφανούς πανικού, τα ευρήματα θα διαβιβάζονταν άμεσα στην Πολεμική Αεροπορία και την ειδική επιτροπή διαχείρισης κρίσεων για την τελική απόφαση.

Αν διαπιστωνόταν αεροπειρατεία και οι δράστες τηρούσαν σιγή ασυρμάτου χωρίς να υποβάλουν αιτήματα, το πρωτόκολλο προβλέπει την άμεση τηλεφωνική επικοινωνία της επιτροπής κρίσεων με τον Υπουργό Άμυνας και τον Πρωθυπουργό.

Σύμφωνα με τους κανονισμούς, κάθε εχθρικό αεροσκάφος που προσεγγίζει τη χώρα καταρρίπτεται, με την τελική απόφαση να ανήκει αποκλειστικά στον Πρωθυπουργό.

Η κατάρριψη του επιβατικού αεροπλάνου κρίθηκε προτιμότερη από τον θάνατο εκατοντάδων πολιτών σε περίπτωση πρόσκρουσης στους πύργους Αζριέλι του Τελ Αβίβ, στο αεροδρόμιο ή σε άλλον στρατηγικό στόχο.

Η πρώτη φάση των ισραηλινών ερευνών δείχνει ότι η απόπειρα αποτελεί πιθανότατα ενέργεια «μοναχικού λύκου», χωρίς ωστόσο να αποκλείεται κανένα σενάριο.

Ο συγκυβερνήτης κρατείται στα Ηνωμένα Αραβικά Εμιράτα για νέο κύκλο ανακρίσεων, έχοντας ήδη εξεταστεί από τις σαουδαραβικές αρχές μετά την αναγκαστική προσγείωση. Το Ισραήλ έχει ήδη αποστείλει κλιμάκιο συνδέσμων στα ΗΑΕ προκειμένου να συμμετάσχει στις έρευνες.